Ce livre est basé sur un entretien exclusif que Yosri Fouda, reporter d'Al-Djazira, a mené clandestinement à Karachi, au Pakistan, en avril 2002, avec Ramzi Binalchibh et Khalid Cheikh Mohammed. Pour la première fois, les deux principaux instigateurs du 11 septembre lui ont raconté la manière dont ils ont planifié et réalisé l'attentat le plus marquant de ce siècle. Les Cerveaux du terrorisme retracent point par point, avec de nombreux éléments ignorés jusqu'ici, la manière dont se sont déroulés les attentats du 11 septembre. Il livre aussi les informations les plus récentes sur le fonctionnement du réseau Al-Qaïda et l'extension internationale de cette nébuleuse.

Il prouve en outre la responsabilité des deux hommes dans de nombreuses autres actions, par exemple l'assassinat du journaliste Daniel Pearl, révélateur de l'inquiétante influence des terroristes jusque dans les services secrets pakistanais. Ramzi Binalchibh, l'"homme à tout faire" du réseau, a été arrêté en septembre 2002. Khalid Cheikh Mohammed, numéro 3 d'Al-Qaïda et "directeur exécutif" de l'organisation, a été arrêté au Pakistan le 1er mars 2003. Les deux hommes sont depuis gardés au secret par les services américains.